Le professeur Layton reçoit une lettre de son ami et mentor, le docteur Schrader.

« Après des années de recherche, j’ai finalement mis la main sur la boîte de Pandore.
J’avais l’intention de ne pas ouvrir le Coffret avant d’avoir terminé mes recherches.
Cependant, je crois que je vais céder à la curiosité.
Si jamais il devait m’arriver quelque chose, je t’implore de reprendre mes recherches».

Évidemment inquiets, le professeur Layton et son assistant Luke partent aussitôt rendre visite à Schrader, mais ils arrivent malheureusement trop tard…

La boîte de Pandore…
On raconte qu’elle prend la vie de quiconque serait assez bête pour tenter de l’ouvrir.
Serait-elle réellement maudite ?
Ou s’agit-il du sombre dessein d’un scélérat ?

Le coffret ne se trouve plus dans l’appartement de Schrader.
Néanmoins, le professeur et Luke découvrent un billet pour le Molentary Express.
Celui-ci pourrait-il être un message d’outre-tombe ?

À présent armés de leur seule et unique piste,
le duo embarque à bord du train de luxe afin de se lancer dans
une aventure rythmée par les énigmes et qui les conduit
droit vers l’inattendu.