El profesor Layton recibe una carta de su viejo amigo y mentor, el Dr. Andrew Schrader.

«Tras años de búsqueda, finalmente he conseguido la enigmática Caja Elísea.
Mi intención original era concluir la investigación antes de proceder a abrir la caja.
Sin embargo, debo confesar que la curiosidad me supera.
En el improbable caso de que me ocurra algo, espero que puedas finalizar mi investigación».

Lógicamente preocupados, el profesor Layton y su asistente Luke parten a visitar a Schrader de inmediato.
Por desgracia, cuando llegan es demasiado tarde…

La Caja Elísea… Dicen que causa la muerte de quien osa abrirla.
¿Realmente estará maldita esta hermosa caja?
¿O se tratará de los actos de algún malhechor?

La caja ha desaparecido del piso de Schrader.
Lo que sí descubren el profesor y Luke es un billete usado
para viajar en el MolentaryExpress.
¿Podría ser ese billete algún tipo de mensaje que les deja
Schrader póstumamente?

Siguiendo esta única pista, Layton y Luke suben a bordo
del lujoso expreso e inician una aventura cargada de
puzles que les lleva a lugares inesperados.