Après avoir résolu nombre de curieux casse-têtes, le célèbre Professeur Layton, archéologue, reçoit une lettre étrange. Son expéditeur n'est autre que son assistant Luke... mais de 10 ans dans le futur !

« Luke adulte » s'est retrouvé dans une situation plutôt délicate, et le Londres qu'il connaît et adore a sombré dans un chaos absolu. Pensant d'abord que Luke lui a sûrement fait une petite farce, le professeur ne peut s'empêcher de se remémorer les terribles événements qui ont eu lieu une semaine plus tôt...

Tout avait commencé par l'inauguration de la toute première machine à remonter le temps, à laquelle assistaient d'éminentes personnalités de la nation. Au beau milieu de la démonstration, la machine eut des ratés et explosa violemment au visage du public. Plusieurs personnalités se volatilisèrent mystérieusement, y compris le Premier ministre Bill Hawks.

Certains que l'explosion de la machine à remonter le temps a un rapport avec cette lettre, le Professeur Layton et Luke font route vers l'endroit qui y est mentionné, une horlogerie sur Midland Road, à Baldwin, et embarquent pour l'un des plus grands mystères de leur carrière.