Tras resolver un gran número de curiosos misterios, el profesor Layton, un renombrado arqueólogo, recibe una carta bastante peculiar. El remitente de esta carta no es otro que su asistente Luke... ¡ pero la ha enviado desde el futuro, dentro de diez años!

Este «Luke del futuro» se encuentra en un buen apuro. El Londres que conoce está sumido en el caos.Tras pensar inicialmente que Luke puede estar gastándole una broma inofensiva, el profesor no puede evitar recordar los terribles acontecimientos que tuvieron lugar la semana anterior...

Todo comenzó con la ceremonia de presentación de la primera máquina del tiempo de la humanidad, a la que asistieron figuras prominentes de toda la nación. En plena demostración, la máquina del tiempo se descontroló y desapareció ante el público con una terrible explosión. Varios de los asistentes desaparecieron misteriosamente sin dejar rastro, incluido el primer ministro, Bill Hawks.

Al no poder quitarse de la cabeza que la explosión de la máquina del tiempo puede estar relacionada de algún modo, el profesor Layton y Luke se dirigen a un lugar mencionado en la carta, una relojería de Midland Road, en Baldwin, adentrándose en lo que puede ser el mayor misterio con el que se hayan encontrado jamás.