Dopo aver risolto svariati enigmi curiosi, il Professor Layton, famoso archeologo, riceve una lettera inusuale. Il mittente di questa lettera è niente di meno che il suo assistente Luke... ma 10 anni avanti nel futuro!

Il "Luke del futuro" è in un bel pasticcio. La Londra che conosce e ama si trova in uno stato di caos assoluto. Dapprima, il professore pensa di essere vittima di un innocuo scherzo di Luke, poi si ricorda dei terribili avvenimenti accaduti la settimana precedente...

Una settimana iniziata con la cerimonia di presentazione della prima macchina del tempo mai creata dall'umanità, presenziata da molti personaggi in vista provenienti dall'intera nazione.
Ma durante la dimostrazione qualcosa è andato storto e la macchina del tempo ha inghiottito il pubblico in una terribile esplosione. Molti partecipanti sono svaniti misteriosamente nel nulla, incluso il primo ministro Bill Hawks.

Senza riuscire a scrollarsi di dosso la sensazione che ci sia un qualche collegamento con l'esplosione della macchina del tempo, il professor Layton e Luke partono per il luogo citato nella lettera, un negozio di orologi sulla Midland Road a Baldwin, imbarcandosi in quello che potrebbe diventare il più grande mistero in cui si siano mai imbattuti.